故事發生在2369 年，深空九號太空站本來是卡達西人占領貝久后所建造的采礦太空站﹝原名[Terok Nor]﹞，一直到資源全被卡達西人掏空后，卡達西人留下了這個采礦站離開，貝久人因為資源不足無法重建自己的家園，只好向星際聯邦求助。太空站由星際聯邦與貝久星共同管理，并更名為[深空九號]，于是它變成了聯邦最偏遠的太空站。 在第一集里太空站附近發現一個穩定的蟲洞，可以迅速地往返遙遠的Gamma象限。這個發現瞬間讓這個太空站成為星際聯邦最有價值的太空站，也成為進入這個廣大未開拓宇宙空間的重要商業中心和軍事重地。雖然電視指南(TV Guide)認為《深空九號》在[演、編、制以及整體而言都是最好的星艦系列劇集]，然而很多傳統星艦迷一開始并不能完全接受它，有人說它背棄了星艦原創人吉恩羅登貝瑞的原始構想，不過根據報導，羅登貝瑞在死前認可了這個劇集的概念。 [DS9]顛復了以往Star Trek系列對未來世界過分理想化的描述，它是由一個廢棄的采礦站加上默契欠佳的成員所組成的，而且由于深空九號太空站的地理位置和特殊的外交，站長偶爾就必須在有意無意間忽視或違背星際聯邦的[最高指導原則]，在這許多不完美的條件下，發展出新的風格和管理的方式。[DS9]里所刻劃的星艦時空是一個介于銀河里各個大國之間的強權政治時代，基本上[DS9]偏重于探討戰爭、宗教、政治妥協以及其他現代議題等等，很多人性的黑暗面都會在劇集中表露無疑，然而對于外來種族執意的侵略，為了保護聯邦無辜的公民，星際聯邦只好讓戰爭在邊境發生，這場戰爭打了四年，[DS9]后期的劇情就以這場[自治同盟戰爭]為主軸，主角們也漸漸獲得成長，和一開始成員間的不協調已經完全不同了。