作惡多端的大鯊魚特洛伊再次卷土重來！這一次，他揚言要趁漲潮之日徹底橫掃整個珊瑚礁，毀滅這個美麗的海洋家園。曾經憑借自身力量戰勝特洛伊的小魚小派，此刻再次肩負起拯救大家的重任，但這次形勢卻愈加嚴峻。特洛伊身邊不僅增添了幾個跟隨的爪牙，而且他本身的力量也更加強大，給小派帶來了前所未有的壓力。在老海龜的建議下，小派決定將身邊愿意支持他的朋友們訓練成能運用海洋力量的戰斗者。然而，由于小派操之過急，強化訓練并沒有取得理想效果，反而讓大家疲憊不堪，對未來的挑戰感到無力不堪。在此時，特洛伊看準機會，強迫一個被他捉到的小鯊魚羅尼喬裝打扮，前去離間小派與珊瑚礁居民的關系。出于存活的本能，羅尼不得不昧著良心參與其中，企圖搗亂。 在老海龜的提點下，小派意識到，凡事都不能單靠一己之力，群策群力才是解決問題的最佳途徑。他重新整理思緒，回到了珊瑚礁。這時，羅尼的間諜身份被揭穿，事情變得更加棘手——小派的女友被特洛伊抓走了！小派面臨著兩難的選擇：一邊要拯救被抓走的女友，另一邊又必須防御即將到來的鯊魚入侵。